Khi thành phố Atlantis của người Cổ Đại (Ancients) được Bộ Tư lệnh Stargate phát hiện tại thiên hà Pegasus, Tiến sĩ Elizabeth Weir cùng Thiếu tá Sheppard đã dẫn đầu một đoàn khảo sát khoa học tiến vào đô thành cổ xưa bị bỏ hoang này. Thế nhưng vừa tới nơi, cả đội không chỉ mất hoàn toàn liên lạc với Trái Đất, mà những hoạt động khám phá của họ còn vô tình đánh thức Kẻ Thù Trầm Kha (The Wraith) — chủng loài tàn bạo của người Cổ Đại đang khát khao săn đuổi con mồi mới. Giờ đây, cùng sự hỗ trợ từ những đồng minh bản địa như Teyla Emmagan, Đội Atlantis phải vừa dốc sức khai phá những bí mật ẩn giấu tại ngôi nhà mới, vừa bước vào cuộc chiến sinh tồn khốc liệt chống lại loài Wraith.